โรงพยาบาลสงฆ์เป็นโรงพยาบาลแห่งเดียวในประเทศไทยและในโลกที่รัฐฯได้จัดสร้างขึ้นเพื่อให้บริการด้านการรักษาพยาบาลแก่พระภิกษุ-สามเณรอาพาธทั่วประเทศ เริ่มตั้งขึ้นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2484 ในสมัยรัฐบาลของ ฯพณฯ จอมพล ป. พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี ดำริที่จะสร้างโรงพยาบาลสงฆ์ขึ้นที่บริเวณ วัดพระศรีมหาธาตุ แต่หากต้องระงับไปเนื่องจากเกิดสงครามโลกครั้งที่สอง ต่อมาในปี พ.ศ. 2492 ฯพณฯ จอมพล ป. พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี ได้ดำริให้มีการรื้อฟื้นเรื่องการสร้างโรงพยาบาลสงฆ์ โดยได้แต่งตั้งกรรมการขึ้นคณะหนึ่งเพื่อดำเนินการในเรื่องนี้ เรียกว่า “คณะกรรมการพิจารณาการก่อสร้างโรงพยาบาลสงฆ์” ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 24 มีนาคม 2492 คณะกรรมการชุดนี้ประกอบด้วย บรรพชิตและฆราวาสรวมกัน 13 ท่าน ได้ร่วมกันประชุมพิจารณาปรึกษา ดำเนินการก่อสร้างโรงพยาบาลสงฆ์เป็นลำดับ และได้ตกลงคัดเลือกได้ที่ดิน ณ ตำบลทุ่งพญาไท คือที่ตั้งในปัจจุบันนี้ และเริ่มวางศิลาฤกษ์เมื่อ วันพุธที่ 11 พฤษภาคม 2492 เวลา 09.32 น. อันตรงกับวันวิสาขบูชาโดยสมเด็จพระสังฆราชเจ้ากรมหลวง วชิรณาณวงศ์ วัดบวรนิเวศวิหารได้ทรงเป็นประธานในพิธีและทรงขนานนามให้ว่า“โรงพยาบาลสงฆ์” พิธีเปิดโรงพยาบาลได้กระทำอย่างเป็นทางการเมื่อวันพุธที่ 21 กุมภาพันธ์ 2494 และได้มอบให้กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข รับไปดำเนินกิจการต่อไปโดยมีนายแพทย์วิรัช มรรคดวงแก้ว เป็น ผู้อำนวยการโรงพยาบาลสงฆ์ คนแรก และเริ่มปฏิบัติงานเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2494 กาลต่อมา สมเด็จพระสังฆราช (กิตติโนภณมหาเถระ) เจ้าอาวาสวัดเบญจมบพิตร ซึ่งสมัยนั้นทรงสมณศักดิ์เป็นสมเด็จพระวันรัต และทรงดำรงตำแหน่งสังฆนายก ได้พิจารณาเห็นว่ากิจการของโรงพยาบาลสงฆ์ ได้เจริญรุ่งเรือง เป็นสถานที่อำนวยประโยชน์สุขแก่พระภิกษุ-สามเณรผู้อาพาธได้จริง แต่การดำเนินงานของนายแพทย์และเจ้าหน้าที่ของโรงพยาบาลสงฆ์บางประการต้องได้รับความไม่สะดวกบ้างเพราะเป็นงานที่เกี่ยวกับกิจของสงฆ์โดยเฉพาะ ถ้ามีกรรมการฝ่ายสงฆ์ร่วมปฏิบัติงานกับกรรมการฝ่ายฆราวาสของโรงพยาบาลด้วยก็จะเป็นการช่วยแบ่งเบาภาระและช่วยให้เกิดความสะดวกเรียบร้อยขึ้น กรรมการสงฆ์ชุดแรก เรียกว่า “คณะกรรมการอำนวยความสะดวกและอนุเคราะห์พระภิกษุ-สามเณรอาพาธประจำโรงพยาบาลสงฆ์” ได้รับการแต่งตั้งจากสมเด็จสังฆนายก เมื่อวันที่ 24 สิงหาคม 2496 (และเนื่องจากชื่อคณะกรรมการชุดนี้ยาวมาก ต่อมาจึงนิยมเรียกกันให้สั้นลงว่า “คณะกรรมการอำนายการฝ่ายสงฆ์” ทำหน้าที่ช่วยควบคุม ดูแลวางระเบียบข้อปฏิบัติและขจัดปัญหาต่าง ๆ ที่เกี่ยวกับพระภิกษุ-สามเณรอาพาธใน โรงพยาบาลสงฆ์ ทั้งช่วยเหลือเกื้อกูลเพื่อให้พระภิกษุ-สามเณรอาพาธ ได้รับความผาสุกและความสะดวกเท่าที่ควร กับช่วยเหลือในกิจการของโรงพยาบาลสงฆ์ ตามความจำเป็น เป็นครั้งคราว ฯลฯ กรรมการสงฆ์ชุดที่สอง ได้รับการแต่งตั้งจากสมเด็จสังฆนายก เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม 2496 เรียกว่า “คณะกรรมการสงฆ์โรงพยาบาลสงฆ์” ทำหน้าที่ผลัดเปลี่ยนกันมาปฏิบัติงานประจำวันที่โรงพยาบาลสงฆ์ วันละ 1 องค์ เพื่อแก้ปัญหาและวินิจฉัยให้ความเห็นแก่โรงพยาบาลด้วยเรื่องพระภิกษุ-สามเณรอาพาธ และช่วย อนุเคราะห์พระภิกษุ-สามเณรอาพาธให้ได้รับความผาสุก สะดวกเท่าที่ควร รวมทั้งเรื่องอื่น ๆ ที่ทาง โรงพยาบาลขอร้องให้ช่วยปฏิบัติเป็นครั้งคราว ฯลฯ จากการที่พระภิกษุ-สามเณร มีกิจวัตรปฏิบัติแตกต่างกับฆราวาส เนื่องจากต้องประพฤติตามหลักแห่งพระวินัยนิยมบรมพุทธานุญาต ในสมัยก่อนเมื่อพระภิกษุ-สามเณร อาพาธ และจำต้องอยู่รับการบำบัดในโรงพยาบาล ซึ่งสมัยนั้นสถานพยาบาลมิได้แยกไว้สำหรับสงฆ์โดยเฉพาะ ย่อมเป็นการไม่เหมาะสมในทางพระวินัย ที่พระสงฆ์และฆราวาสจะร่วมสถานพยาบาลแหล่งเดียวกันถึงแม้ว่าโรงพยาบาลต่าง ๆ ได้พยายามที่จะจัดสถานที่พิเศษสำหรับพระภิกษุ-สามเณรแล้วก็ตาม แต่สถานที่นั้น ๆ ก็มีจำนวนจำกัดและจำนวนผู้ป่วยเจ็บไข้ก็เพิ่มมาขึ้นเป็นลำดับ จึงเป็นเหตุให้พระภิกษุ-สามเณรจำต้องปะปนกับฆราวาสอยู่เสมอ ด้วยสาเหตุดังกล่าวจึงเป็นสาเหตุให้เกิดวัตถุประสงค์ของการตั้งโรงพยาบาลสงฆ์ขึ้นมา 3 ประการคือ
1. เพื่อหลีกเลี่ยงความไม่เหมาะสมในการที่พระภิกษุ-สามเณรจะต้องได้รับการรักษาพยาบาลร่วมกับฆราวาส
2. เพื่อช่วยเหลือพระภิกษุ-สามเณรอาพาธให้ได้มีโอกาสปฏิบัติตามวินัยบรมพุทธานุญาต
3. สนองพุทธพจน์ขององค์สัมมาสัมพุทธเจ้าที่ว่า“โย ภิขเวมํ อุปฏฐ เหยย โสคิลานํ อุปฏ.ฐเหยย” ซึ่งแปลว่า “ผู้ใดปรารถนาอุปัฏฐากเราตถาคตผู้นั้นพึงอุปัฏฐากภิกษุไข้เถิด”
หน้าที่ความรับผิดชอบของโรงพยาบาลสงฆ์
1. ดำเนินการเกี่ยวกับการศึกษา ค้นคว้า วิเคราะห์และวิจัยทางการแพทย์ ด้านโรคทั่วไป และจักษุวิทยาแก่พระภิกษุ-สามเณร
2. ดำเนินการเกี่ยวกับการให้การศึกษาและฝึกอบรมแก่แพทย์ และแพทย์ประจำบ้าน เพื่อให้ความเชี่ยวชาญเฉพาะทางในสาขาที่รับผิดชอบ ตลอดจนถ่ายทอดเทคโนโลยีทางการแพทย์ให้แก่บุคลากรทางการแพทย์และสาธารณสุข
3. ให้บริการตรวจวินิจฉัย บำบัดรักษาและฟื้นฟูสมรรถภาพ เพื่อพัฒนาวิชาการแพทย์ด้านโรคทั่วไปและจักษุวิทยาแก่พระภิกษุ-สามเณร
4. ปฏิบัติงานหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือได้รับมอบหมาย